Την τελευταία του πνοή άφησε εχθές ο ιδρυτής της Aegean. Σε ανακοίνωση της εταιρείας αναφέρεται:
«To Διοικητικό Συμβούλιο και οι εργαζόμενοι της AEGEAN εκφράζουμε τη βαθύτατη θλίψη μας για την απώλεια του Ιδρυτή και Προέδρου της εταιρίας μας, Θεόδωρου Βασιλάκη. O Προέδρος μας ήταν για όλους μας η πηγή έμπνευσης από την πρώτη πτήση, τον πρώτο μας επιβάτη μέχρι σήμερα. Οι αξίες που πρέσβευε, όσο και το όραμά του θα συνεχίσουν να μας οδηγούν. Ο Θεόδωρος Βασιλάκης έφυγε από τη ζωή, σήμερα Πέμπτη, 17 Μαΐου 2018, σε ηλικία 78 ετών. Η εξόδιος ακολουθία θα τελεστεί το Σάββατο, 19 Μαΐου 2018 στις 12:30, στον Ιερό Ναό Μεταμορφώσεως Σωτήρος, στην Κηφισιά. Η οικογένεια αντί στεφάνων παρακαλεί να γίνουν δωρεές για το Παιδικό Χωριό SOS Κρήτης».