Το αρχαιολογικό υλικό της έκθεσης προέρχεται από τις έως τώρα ανασκαφές σε σημαντικές θέσεις της Κύθνου, όπως στην αρχαία πόλη και στον πρώιμο οικισμό του Μαρουλά.