Στην αποκατάσταση και επανάχρηση των κτιρίων του Λεπροκομείου στη Σπιναλόγκα, των κοιτώνων και του νοσοκομείου, με σκοπό τη δημιουργία εκθεσιακών χώρων, προχωρά το Υπουργείο Πολιτισμού και Αθλητισμού. Το έργο εντάσσεται στο πλαίσιο των συνολικών εργασιών ανάδειξης, συντήρησης και προστασίας που εκτελεί στο Ενετικό Φρούριο το Υπουργείο Πολιτισμού και Αθλητισμού.
Όπως δήλωσε η Υπουργός Πολιτισμού και Αθλητισμού Λίνα Μενδώνη: "Η νησίδα της Σπιναλόγκας, εξαιρετικά σημαντικό φρουριακό συγκρότημα της περιόδου της Ενετοκρατίας, αλλά και χώρος φορτισμένος με σκληρές μνήμες από την περίοδο, που η νησίδα λειτούργησε ως Λεπροκομείο, βρίσκεται εδώ και χρόνια, στο κέντρο του ενδιαφέροντος του Υπουργείου Πολιτισμού και Αθλητισμού. Στον σχεδιασμό μας, εκτός από τις σημαντικές αναστηλωτικές παρεμβάσεις και εργασίες ανάδειξης και αποκατάστασης του κτηριακού αποθέματος του νησιού, που βρίσκονται σε εξέλιξη, και εκτός από τα έργα προσβασιμότητας και αναβάθμισης του εκδοτηρίου– πωλητηρίου, περιλαμβάνεται και η αποκατάσταση των κτιρίων του Λεπροκομείου, των κοιτώνων και του νοσοκομείου, με σκοπό τη φιλοξενία εκθέσεων για την ιστορία και τη μνήμη της νησίδας. Θέλουμε να αναδειχθεί το πολιτισμικό παλίμψηστο της Σπιναλόγκας, η ιστορία της, όπως αυτή εκφράζεται μέσα από τις διαφορετικές περιόδους κατοίκησης και τις ιδιαίτερες συνθήκες που διαμορφώθηκαν σε αυτές. Οι Ενετοί μετέτρεψαν έναν άγονο βράχο σε ισχυρό φρούριο, οι μουσουλμάνοι σε ένα από τα ισχυρότερα οικονομικά και εμπορικά κέντρα της περιοχής, ενώ οι ασθενείς του Λεπροκομείου δημιούργησαν μια κοινωνία αλληλεγγύης. Η έγκριση της μουσειολογικής μελέτης αποτελεί ουσιαστικό βήμα για τη μουσειακή επανάχρηση των κτιρίων του Λεπροκομείου, τα οποία αποτελούν τα μοναδικά εναπομείναντα κατάλοιπα της οργανωμένης οικοδομικής δραστηριότητας εκείνης της περιόδου, καθώς τα υπόλοιπα κατεδαφίστηκαν τη δεκαετία του 1980. Το νησί αποτελεί σύμβολο της ανθρώπινης θέλησης και του αγώνα για κάτι καλύτερο".
Για την οργάνωση της μόνιμης έκθεσης αξιοποιούνται τα κτίρια των κοιτώνων του Λεπροκομείου και το κτίριο του Νοσοκομείου. Χωρίζεται σε τέσσερις μεγάλες εννοιολογικά αυτοτελείς ενότητες και μια μικρή ενότητα με τη διαχρονία της κατοίκησης της νησίδας. Ουσιαστικά καλύπτει χρονολογικά μια περίοδο από το 16ο αι. (ενετική) έως τον 20ο αι. (1957, τελευταίο έτος λειτουργίας του Λεπροκομείου). Στους επιμέρους στόχους εντάσσονται οι αναφορές στο φυσικό περιβάλλον της περιοχής γύρω από το νησί, η δημιουργία μιας αφήγησης που να βοηθά στην καλύτερη κατανόηση των μνημείων και να ενθαρρύνει μια ολοκληρωμένη μουσειακή εμπειρία, η διαχείριση της μνήμης και της "δύσκολης κληρονομιάς". Η ανάδειξη των ιστοριών των ανθρώπων που κατοίκησαν το νησί και των αντικειμένων, αλλά και το εποπτικό υλικό της συλλογής, έχουν ως στόχο να βοηθήσουν τον επισκέπτη να βιώσει την ιδιαιτερότητα της ζωής στο νησί.
Στο κτίριο του νοσοκομείου προβλέπεται η διαμόρφωση αίθουσας πολλαπλών πολιτιστικών χρήσεων (για περιοδικές εκθέσεις, διαλέξεις, συνέδρια και εκδηλώσεις), χώρος αναψυκτηρίου και εξυπηρέτησης των επισκεπτών. Ολα τα κτίρια προβλέπεται να είναι προσβάσιμα σε ΑμεΑ με τη χρήση ραμπών και ανελκυστήρων.
