Το αρχικά επονομαζόμενο ως «Μουσείον Ελληνικών Χειροτεχνημάτων» ιδρύθηκε το 1918, βάζοντας έναν θεμελιακό λίθο για την απόδειξη της διαχρονικής συνέχειας του ελληνικού πολιτισμού, όταν ακόμα το εθνικό ζήτημα ήταν σε έξαρση. Στο Τζαμί Τζισδαράκη συγκεντρώθηκαν αντικείμενα λαϊκής τέχνης και καθημερινής χρήσης, που κάλυπταν χρονικά την περίοδο της Τουρκοκρατίας και προέρχονταν από την Ελλάδα και τις περιοχές των ομογενών. Μέσα στα επόμενα χρόνια, το μουσείο μετονομάστηκε ενώ από τα τέλη της δεκαετίας του ’60 ξεκίνησε μία περίοδος επέκτασης για το Μουσείο, καθώς, δορυφορικά στην κεντρική του έκθεση στην οδό Κυδαθήναιον, προστέθηκαν σταδιακά το Λουτρό των Αέρηδων (1998), το Σπίτι της οδού Πανός 22 (2003) και το Μουσείο Ελληνικών Λαϊκών Μουσικών Οργάνων - Συλλογή Φοίβου Ανωγειανάκη (2014). Πλέον, με περισσότερα από 25.000 περίπου αντικείμενα προερχόμενα από τον ελληνικό χώρο (ηπειρωτικό και νησιωτικό), καθώς και από περιοχές όπου έδρασε ο ελληνισμός, το μουσείο καλύπτει πολιτιστικό αποτύπωμα των Ελλήνων, από τα μέσα του 17ου μέχρι και τον 20ό αιώνα. Το μουσείο ετοιμάζεται να περάσει σε μια νέα εποχή μετακομίζοντας στο νέο χώρο που ετοιμάζεται στην «Αυλή των Θαυμάτων», στο Μοναστηράκι, σε ένα μοναδικό συγκρότημα κτιρίων διαφορετικών εποχών που αναβιώνει μια ολόκληρη γειτονιά της παλιάς Αθήνας.
